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一种药物靶标亲和力预测方法及系统
本发明涉及药物靶标亲和度预测领域,尤其涉及一种药物靶标亲和力预测方法及系统。本发明对药物的SMILES序列和蛋白质的氨基酸序列预处理,生成相似性图和分子结构图;然后,将分子结构图和相似性图馈送到多分支骨干网络中,其中包括药物分支和蛋白质分支...
一种计算机辅助设计抗菌肽的方法、抗菌肽及其应用
本发明涉及抗菌新材料技术领域,具体涉及一种计算机辅助设计抗菌肽的方法、抗菌肽及其应用。本发明提供了一种计算机辅助设计抗菌肽的方法,包括以下步骤:通过滑动窗口法对原始多肽处理生成候选九肽序列,采用基于概率的氨基酸替换策略对每个候选九肽序列进行...
基于多粒度融合的药物-靶标结合亲和力预测方法
本发明公开了一种基于多粒度融合的药物‑靶标结合亲和力预测方法,其包括S1提取药物SMILES字符串的特征表示及Morgan指纹和Avalon指纹,之后对特征表示和两个指纹进行融合,得到药物特征表示;S2提取蛋白质序列的k‑mer频率特征,并...
染色体外环状DNA鉴定方法、装置、计算机设备和存储介质
本申请涉及一种染色体外环状DNA鉴定方法、装置、计算机设备和计算机可读存储介质,方法包括:获取待测样本及所述待测样本的测序数据;对所述捕获片段进行分割,得到位于第一片段区间的第一片段矩阵以及位于第二片段区间的第二片段矩阵;根据第一片段的序列...
一种基于长短期记忆网络的蛋白质结构域功能预测方法、装置、终端设备及存储介质
本发明公开一种基于长短期记忆网络的蛋白质结构域功能预测方法、装置、终端设备及存储介质,方法包括:获取待测蛋白质氨基酸序列,对待测蛋白质氨基酸序列进行编码得到已编码序列;将已编码序列输入双向长短期记忆网络,双向长短期记忆网络通过前向LSTM从...
基于多维度证据自动评级肿瘤体细胞突变致癌性的方法与装置
本发明属于生物医学信息技术、癌症基因组学及临床诊断技术领域,公开了基于多维度证据自动评级肿瘤体细胞突变致癌性的方法与装置。该方法通过获取待评级变异数据并进行标准化注释,基于预设评级规则集自动整合人群频率、癌症热点、功能性实验、预测信息及计算...
一种基于VAF分布热图的基因组异常检测系统及方法
本发明涉及生物信息学与高通量测序数据分析技术领域,具体涉及一种基于VAF分布热图的基因组异常检测系统及方法;本发明获取待检基因组样本数据和对应的参考基因组样本数据,对VAF值进行折叠处理,进行二维分箱,得到计数矩阵,进行高斯平滑构建VAF分...
基于随机森林模型的染色体异常检测系统及方法
本发明涉及生物信息学与人工智能分析领域,具体涉及一种基于随机森林模型的染色体异常检测系统及方法;本发明对净化后的文件进行变异检测,识别碱基替换、插入及缺失事件,并计算各变异位点的等位基因频率,生成标准化的VCF格式文件、将变异位点的等位基因...
一种基于静态基因表达数据的代谢通量预测方法及系统
本发明涉及基因表达技术领域,具体公开了一种基于静态基因表达数据的代谢通量预测方法及系统,所述方法包括获取代谢网络结构及其对应的静态基因表达数据;针对代谢网络中的每一目标代谢反应,构建对应的通量预测模型;所述通量预测模型包括双输入编码器和解码...
一种整合多组学数据增强基因组预测与候选基因鉴定的方法
本发明属于基因鉴定技术领域,公开了一种整合多组学数据增强基因组预测与候选基因鉴定的方法,本发明候选基因识别通过多层证据整合进行验证,包括基于基因贡献评分的优先排序、功能富集分析、泛基因组网络验证和CRISPR/Cas9实验验证。在一个包含完...
急性淋巴细胞白血病MRD监测的高通量测序方法和系统
本发明属于肿瘤分子诊断和生物信息分析技术领域,涉及一种急性淋巴细胞白血病MRD监测的高通量测序方法和系统。通过采用带唯一分子标识符和/或双链标签的靶向测序、基于本底噪声谱的误差建模和统计/机器学习伪变异过滤,实现对IG/TCR克隆及相关基因...
参考样本的筛选方法、计算设备及程序产品
本发明涉及一种参考样本的筛选方法、计算设备及程序产品。该方法包括:确定参考基因组的多个分析区间,所述多个分析区间包含关于指定同源基因家族中各成员基因的至少一个绝对同源区间及至少一个差异区间;基于待测样本测序数据,确定所述待测样本在各分析区间...
基于深度学习模型筛选影响病毒宿主适应性关键突变的装置及方法
本发明公开了一种基于深度学习模型筛选影响病毒宿主适应性关键突变的装置及方法,包括如下步骤:1)基于指定的病原体种类,收集病原体的基因序列数据和采用宿主信息,并对收集到的数据进行预处理,构建模型训练数据集和测试数据集;2)对收集到的序列数据进...
一种基于多组学数据整合的生物标志物预测系统、存储介质及方法
本申请公开一种基于多组学数据整合的生物标志物预测系统、存储介质及方法,涉及数据处理和生物信息学技术领域,系统用于对所述特征数据进行基因突变、CNV差异、转录组表达谱分析,识别与生物标志物状态相关的差异表达基因,得到差异表达基因集合;基于该基...
一种基于机器学习的血管紧张素转换酶抑制肽筛选方法及系统
本发明公开了一种基于机器学习的血管紧张素转换酶抑制肽筛选方法及系统,属于生物信息学技术领域。该基于机器学习的血管紧张素转换酶抑制肽筛选方法包括如下步骤:步骤1、构建肽序列数据集,所述数据集包含已知的ACE抑制肽和非抑制肽;步骤2、从所述肽序...
一种蛋白家族自动聚类方法、系统、设备及存储介质
本申请涉及一种蛋白家族自动聚类方法、系统、设备及存储介质。所述方法包括:将待聚类的蛋白序列输入蛋白质语言模型进行向量嵌入,生成蛋白序列的嵌入向量;基于蛋白序列的嵌入向量计算两两蛋白序列之间的距离,得到两两蛋白序列间的成对距离,根据成对距离衡...
蛋白质序列分析方法、设备、介质和产品
本发明公开了一种蛋白质序列分析方法、设备、介质和产品,涉及生物技术以及人工智能结合的技术领域。其中,方法包括:获取第一蛋白序列,构建对应的第一嵌入表示,第一蛋白序列为在大肠杆菌中表达或拟在大肠杆菌中表达的非大肠杆菌来源的外源性蛋白序列;将第...
一种基于调控区语义对应的基因功能预测方法
本发明公开了一种基于调控区语义对应的基因功能预测方法。该方法首先构建物种间调控语义对应关系数据集,搭建人工智能模型结构,然后搭建跨物种语义对应网络,最后对目标基因进行功能注释或在目标物种中识别具有特定功能的候选基因。本发明构建的PhytoB...
一种分析方法及系统
本发明实施例涉及一种分析方法及系统,该方法包括:比对步骤:包括基于特异性蛋白质序列数据与肽段序列数据进行比对分析,所述特异性蛋白质序列数据与所述肽段序列数据来源于同一类型的细胞;结果输出步骤:包括输出分析结果。本发明能够从同一类型的细胞中同...
一种诺如病毒的基因组拼接方法、装置、介质及产品
本公开提供了一种诺如病毒的基因组拼接方法、装置、介质及产品。该方法包括:获取诺如病毒基因数据库,诺如病毒基因数据库中包括非结构蛋白编码区子库和衣壳蛋白编码区子库;获取原始测序数据;对原始测序数据质控,获取筛选后的测序数据;将筛选后的测序数据...
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