上海思路迪生物医学科技有限公司任兴获国家专利权
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龙图腾网获悉上海思路迪生物医学科技有限公司申请的专利检测SNV的装置和方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116153394B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-04-28发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202111393055.X,技术领域涉及:G16B20/20;该发明授权检测SNV的装置和方法是由任兴;叶亦舟;杨韩雁设计研发完成,并于2021-11-23向国家知识产权局提交的专利申请。
本检测SNV的装置和方法在说明书摘要公布了:本公开内容涉及以高准确性检测样本中目标基因的SNV的方法、装置和系统。
本发明授权检测SNV的装置和方法在权利要求书中公布了:1.一种以高准确性检测样本i中目标基因的SNV的装置,所述装置包括: 测序数据读入模块,用于实施步骤A对原始测序数据进行质控,比对到参考基因组并去重,生成存储测序片段reads信息的BAM文件; VAF计算模块,用于实施步骤B从去重后的BAM文件提取基因组序列上的碱基位点中携带变异的reads数xi和测序深度ni,通过xii计算变异频率VariantAlleleFrequency,VAF; 阈值确定模块,用于实施步骤C通过该位点的VAF分布的高斯平滑核函数计算阈值c,将不超过c的样本划分为阴性; 背景噪音估计模块,用于实施步骤D选取阴性样本的xi和ni,对截断贝塔-二项式分布做拟合,用最大似然值方法估计背景噪音参数θ; SNV判定模块,用于实施步骤E确定变异reads数xi的阈值,将超过阈值的样本判定为变异, 其中仅当xii≤c时,用于估计背景噪音的样本中不存在真实变异, 其中在步骤C中,如下设定阈值c:记ti=logxini,对ti的分布做高斯核平滑: 其中m为样本数,σ2为高斯核函数方差,exp为指数函数,Kt为核平滑后的ti的分布函数; 对Kt分别寻找最大值和局部最小值: 选取VAF的样本,设定阈值为这部分样本VAF的80%分位数, 其中步骤D如下进行:对包括VAF≤和VAF的所有阴性样本的建立统计模型: 其中为贝塔二项式的概率质量函数,为模型的二维参数,为贝塔Beta函数,为伽玛Gamma函数,!为阶乘符: 另外记为贝塔二项式的累积分布函数: 排除步骤C中nc的临床样本后,变异数的统计分布变成右截断的贝塔二项式分布: 用最大似然值方法估计背景噪音参数:为对数似然函数,当时,取最大值,即为背景噪音的最大似然估计值,并且决定背景噪音分布, , 其中步骤E如下进行:对于受检样本x,n,当p值小于设定的假阳性率阈值α时判定该样本为阳性 , 其中所述样本为肿瘤样本。
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