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龙图腾网获悉沈阳药科大学申请的专利一种lncRNA编码肽的高通量鉴定方法及其应用获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN115985397B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-04-21发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202211389317.X，技术领域涉及：G16B30/00；该发明授权一种lncRNA编码肽的高通量鉴定方法及其应用是由黄万旭;李秉武;路国梁;王丹设计研发完成，并于2022-11-08向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种lncRNA编码肽的高通量鉴定方法及其应用在说明书摘要公布了：一种lncRNA编码肽的高通量鉴定方法及其应用，属于生物技术领域，该方法结合了翻译组学技术和蛋白质质谱技术，以核糖体印迹测序数据为出发点，依据测序片段三碱基周期性规律确定位于lncRNA基因上的开放阅读框，进一步通过系统过滤后构建蛋白基因组学索引，使用计算蛋白组学方法检测lncRNA翻译事件并在此基础上系统鉴定lncRNA编码肽。该方法具有模块化，可拓展性强的特点，可广泛用于各种类型蛋白组数据，高通量鉴定和定量检测lncRNA编码肽。本发明提供基于lncRNA编码肽网络模型预测癌症患者的分子分型及其预后，为临床患者精准用药提供重要参考依据。

本发明授权一种lncRNA编码肽的高通量鉴定方法及其应用在权利要求书中公布了：1.一种lncRNA编码肽的高通量鉴定方法，其特征在于，按以下步骤进行： 步骤1：确定潜在的lncRNA开放阅读框； 使用GENCODE数据库和NONCODE数据库人类基因注释构建候选开放阅读框库，收集人类Ribo-seq数据，对候选开放阅读框进行三碱基周期性的评估； 首先对测序数据进行质量控制，使用TrimGalore软件去除接头，使用STAR软件将测序数据比对到人类参考基因组上，使用Ribotricer软件对比对到人类基因组上的测序片段进行三碱基周期性的评估，使用GENCODE和NONCODE数据库注释构建候选开放阅读框库，进行相位评分，使用0.44作为评分阈值得到具有编码潜能的lncRNA及其开放阅读框信息； 步骤2：构建蛋白基因组学索引； 收集不同样本得到的lncRNA开放阅读框信息，去除冗余开放阅读框，其依据为：如果开放阅读框拥有同一终止密码子且位于同一转录本上，则取最长的开放阅读框保留；若开放阅读框拥有同一终止密码子但位于不同转录本上，则分别保留，使用Biostrings工具包translate功能将核苷酸序列翻译为肽序列，整合SmProt数据库和cncRNADB数据库作为补充，使用blastp算法将肽序列比对到人类已知蛋白数据，去除能完全比对到已知蛋白的肽条目； 步骤3：定量蛋白质组学分析； 从公共蛋白质质谱数据库检索收集得到癌症患者的癌症组织及其对应的非癌症旁组织定量蛋白质组学质谱数据，使用所得lncRNA编码肽索引和Uniprot提供的人类蛋白组参考序列作为共同索引，使用MaxQuant软件进行计算蛋白质组学分析； 步骤4：lncRNA编码肽片段过滤； 对得到的可能的lncRNA编码肽片段，进行更进一步过滤；从dbSNP下载得到人类非同义单核苷多样性数据，依据Uniprot序列构建多样性蛋白数据；使用blastp算法将得到lncRNA肽片段分别比对到多样性蛋白数据和已知蛋白数据，将能完全比对多样性蛋白数据和已知蛋白数据的lncRNA肽片段过滤； 使用R语言sample函数从Andromedascore最高的前百分之二十和后错误概率最低的百分之二十已知蛋白肽片段中不重复随机的挑选两千条，根据其氨基酸序列，修饰和保留时间作为输入对于DeepLC模型进行矫正，使用矫正后的DeepLC模型对lncRNA肽片段进行保留时间预测；使用预测保留时间和实测保留时间，根据稳健线性回归模型随机样本一致性回归算法进行筛选，去除预测保留时间和实测保留时间差异过大的肽片段； 步骤5：确定lncRNA编码肽强度； 合并最终的肽片段强度，合并开放阅读框组。

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